Wzgórza te posiadają bardzo złożoną budowę geologiczną. Występują tu sjenity, serpentynity, magnezyty i wapienie krystaliczne oraz najpowszechniejsze łupki krystaliczne. Skały te były w przeszłości eksploatowane, czego pozostałościami są nieczynne wyrobiska małych kamieniołomów i kopalni.
Najcenniejsze pod względem przyrodniczym fragmenty wzgórz, porośnięte naturalną roślinnością, objęto formami ochrony przyrody. Największą powierzchnię zajmuje Obszar Natura 2000 Wzgórza Niemczańskie o łącznej powierzchni ponad
Wzgórza Niemczańskie porastają głównie śródlądowe kwaśne dąbrowy oraz grądy środkowoeuropejskie. Kwaśne dąbrowy, których drzewostan budowany jest głównie przez dąb bezszypułkowy, w miejscach cieplejszych i uboższych, oraz przez dąb szypułkowy, w miejscach bardziej wilgotnych i żyznych.